フルネーム:初音 ミク(はつね みく)

相棒:マスカーニャ 手持ちポケモン:マスカーニャ・チルタリス・ニンフィア・マリルリ・ペロリーム・ムクホーク

パルデア地方から旅に出た。 『セレビィ』を探す旅に出る。

出会いはほんの一瞬。森の中で姿を見た。

────もう一度、あの子に会いたい。

それが旅を始めた理由だった。

フルネーム:鏡音 レン(かがみね れん) 相棒:ゴウカザル 手持ちポケモン:ゴウカザル・ルカリオ・レントラー・ムクホーク・グレイシア・ドグロッグ

シンオウ地方から旅に出た。 『ゼクロム』を追う旅に出る。

強いトレーナーを目指すレン。ある日こんな話を耳にした。

────自分が本当に信じるものを持つ者の前に、ゼクロムは現れる。

そうして強さを追い求めながらもゼクロムを追う旅に出る。

フルネーム:鏡音 リン(かがみね りん) 相棒:リザードン 手持ちポケモン:リザードン・ライチュウ・ルチャブル・デンリュウ・キュウコン・ドンファン

カントー地方から旅に出た。 『ホウオウ』を追って旅に出る。

────あれは絶対ホウオウだった！

そうしてホウオウを追う旅に出る。

フルネーム:巡音 ルカ(めぐりね るか) 相棒:ラグラージ 手持ちポケモン:ラグラージ・ミロカロス・サーナイト・アブソル・チルタリス・ロズレイド

ホウエン地方から旅に出た。 『ラティアス』を追って旅に出る。

ポケモンは人間の心をどのように感じているのか。それを確かめる為の旅。

────言葉を交わさなくても、心を通わせることはできるのかしら。

そうしてラティアスを探す旅に出る。

フルネーム:MEIKO(めいこ) 相棒:バクフーン 手持ちポケモン:バクフーン・ウィンディ・ロズレイド・カイリキー・トゲキッス・ミルタンク

ジョウト地方から旅に出た。 『ジラーチ』を探す旅に出る。

どうしても叶えたい願いがあった。 その時、｢ジラーチが眠りから目覚める時に、一つの願いを叶えてくれる。｣という話を耳にする。

────お願いジラーチ。私の願いを聞いてほしいの。

そうしてジラーチを探す旅に出る。

フルネーム:KAITO(かいと) 相棒:ダイケンキ 手持ちポケモン:ダイケンキ・グレイシア・コオリッポ・ぺリッパー・カビゴン・シャンデラ

イッシュ地方から旅に出た。 『ルギア』の生態を研究するために旅に出る。

海洋調査をしていた際、ルギアの目撃情報を聞いた。

────ルギア、君はどこにいるんだい？

そして、ルギアを探す旅に出る。