大人顔負けの推理をする小学生だが、その正体は高校生探偵・工藤新一。組織の裏取引現場を目撃した際、口封じのために開発中の毒薬を飲まされ、その結果体が縮んでしまった。新一の生存を隠すため、江戸川コナンと名乗り毛利探偵事務所に居候しつつ、組織の動向を探っている。卓越した推理力は衰えず、毛利小五郎の陰で事件を解決に導く。

工藤新一の幼なじみで、本作のヒロイン。探偵の父・毛利小五郎と弁護士の母・妃英理が別居中のため、父の元で暮らす蘭が毛利家の家事を担当。料理上手なしっかり者だ。居候のコナンには姉のように接している。帝丹高校では空手部に所属し、大きな大会で優勝するほどの実力者。雷やお化けは苦手。親友の鈴木園子に冷やかされつつも、新一の帰りを待つ。

服部平次の幼なじみ。「平次の姉役」を自称しているが、誰の目から見ても平次を好きなのは明らか。本来は面倒見の良い気さくな性格だが、平次が絡むと、嫉妬心むき出しの気の強さを見せる。お揃いのお守りを平次に渡しており、中には以前平次とつながれた手錠の鎖が入っている。父親は大阪府警の刑事部部長で、平次の父とは親友同士。合気道二段の腕前。

大阪の高校生探偵。東の高校生探偵、工藤新一にライバル心を燃やし推理勝負を挑んだが、新一の「推理に上も下もない」という考えに感銘を受ける。その後、麻酔銃を使って自分を演じるコナンを見たことで、コナン＝新一という真実に気づき、以降はコナンをサポートしている。大阪府警本部長の息子という立場から、府警より情報を得ることも。遠山和葉とは幼なじみ。和葉が好き。

帝丹高校ではテニス部に所属する、鈴木財閥のお嬢様。毛利蘭とは親友同士で、工藤新一とも保育園からの同級生。ふたりの関係をそばで見続けていたため、日常的に蘭と新一の仲をからかっている。イケメンを探して手品の同好会に入るなど、ミーハーで行動力は凄まじい。京極真と恋人同士になるが、すぐに遠距離恋愛を余儀なくされる。怪盗キッドの大ファン。

４００戦無敗記録を持つ杯戸高校空手部主将。得意の蹴り技から「蹴撃(しゅうげき)の貴公子」の異名を持つ。強い相手を求めて武者修行のため世界へと旅立っているが、恋人・園子のためならどこからでも駆けつける。性格は真面目で一途な昔ながらの日本男児。園子が憧れる怪盗キッドに嫉妬して、人類最強のガードマンになったことも。静岡県の実家は「瓦屋旅館」を経営。

本名は宮野志保。江戸川コナンと同じく、体が小さくなっている状態で、現在は帝丹小学校に在籍している。元黒ずくめの組織の科学者で、シェリーというコードネームが付けられていた。小さくなった原因の薬、ＡＰＴＸ４８６９の開発者だが、現在は阿笠博士の庇護のもと、解毒薬の研究をしている。ビッグ大阪所属のサッカー選手、比護隆佑の大ファン。

・吉田歩美 少年探偵団のヒロインで、女の子らしいボブカットにカチューシャスタイル。コナンや灰原を少年探偵団に誘った張本人で、灰原加入前までは探偵団の紅一点だった。元太や光彦は歩美に好意を寄せているが、歩美はコナンに恋心を抱く。明るく素直な性格で好奇心旺盛。天真爛漫な一方で、灰原が一目置くほどの負けん気の強さを持つ。体重１５ｋｇ。 ・小嶋元太 少年探偵団の団長を自称する。明るく力持ちなムードメーカー。小学１年生としては規格外の巨体で、三角頭に１０円ハゲがある。何でもよく食べ、特にうな重には目がない。光彦同様に歩美に好意を抱いている。大人に対して臆することなく、失礼な物言いも多いが、本人に悪気はない。体重４０ｋｇ。 ・円谷光彦 礼儀正しく口調はいつも丁寧。紳士的で賢い、少年探偵団の良識人。両親ともに教師で、中学生の姉、朝美がいる。コナンや灰原には劣るも、小学１年生とは思えないほどの豊富な知識を持っている。以前は歩美に好意を抱いていたが、灰原が転校して来てからはふたりとも気になる存在に。真ん中分けの前髪とそばかすが特徴。体重２０ｋｇ。

工藤邸の隣に住む天才発明家。本名は「ひろし」と読むが、コナンたちからは肩書きと合わせて「はかせ」と呼ばれている。コナンや灰原の協力者であり、ふたりの秘密を知る数少ない人物。少年探偵団を連れてキャンプやピクニックに出かけることも多い。実はまだ５２歳と見た目より若く、いまだに独身