妖怪 基本的に現代社会で言われている妖怪と大差ないが細かく突き詰めると多少の違いは存在する。明確にされていることとして妖力を保持していること、神と対立していること、種族によって能力や容姿、生態系が大きく異なることなどが挙げられる。作中では動物妖怪、無機物妖怪、人型妖怪に分類され、また術の発動の仕方でも分類が可能であり特定の動作をして妖術を使う動作型、自分の意思ひとつで妖術を使う意思型、妖術使えない型に分けられる。作中では神に関係がある妖怪には神通力があるとされ、強力な力を持つ。

神 現時点でわかっていることは少なく、その生態は不明。妖怪と同様に現代社会で言われている神と大差ないと思われる。高天原に神の国があること、神力を持っていること、妖怪と対立していること、妖怪と同様に学校があることなどがわかっている。神獣や霊獣も同じく神と分類されている。

百鬼学園 妖怪のための高等教育施設。本作品のメイン舞台になっている。人数は多くないが神や人も在籍している。小中学校は含まない。中庭に大きな木のある吹き抜け6階建ての大型建造物で、中庭の天井は開閉式で雨天時や深夜0時以降は閉まるようになっている。中央に聳える大樹には木霊と呼ばれる妖怪が棲みつき、用務員の仕事を執り行っている。江戸末期から明治末期の間に創建されたと思われ、現在使用している校舎とは別に旧校舎が存在する。四階が参年、五階が壱年、六階が弐年の教室になっていて、その他保健室や科学実験室、四階吹き抜けの大型図書室といった特別教室や、別途体育館なども存在し、幾つかの空き教室は学園長の妖術により別の空間へと繋がっていて瞬時に違う場所に移動することができるようになっている。また敷地内には学園長の自宅もあり、3階渡り廊下で校舎と繋がっており3階部分は学園長室として教師や生徒たちも出入りすることがある。夜間部や一年のうち半年学校に通い六年で卒業するなど妖怪の個性に合わせた学習体系が充実している。また、年齢による入学の制限はなくいわく、入学してくる子の三分の一が成人済みの子らしい。ただし未成年の子たちに影響がないように在学中の三年間は禁酒禁煙をすることになっている。基本的に生徒たちは寮に住み込みそこから学校に通っている。寮は学校外にある。

百鬼学園島 百鬼学園を中心とした海底でつながる大小異なる二つの島で構成された島。大きい方の島は壱島、小さい方は弐島と呼ばれ二つの島を結ぶ海坊主大橋が存在する。東京の南方、太平洋に位置し船で東京から10時間ほどかかる。島を周回するように電車が通っており、現在判明している島内の駅は壱島南部にある百鬼学園島駅と弐島南方にあるモール前駅のみ。旧百鬼学園は弐島の北方に位置し、学校施設だけではなくコンビニや商店街、ショッピングモール、病院、島唯一の神社客人神社など、施設が非常に充実している。

その正体は背中に大きな島を背負っている霊亀と呼ばれる神様で、元々朱雀（渡した当時は隊長）が所有していたが江戸の末期に学園長に貸し出したため現在は学園長が島の管理を担っている。

退魔の力 妖怪を退治することができる特別な力。妖力や妖力でできた妖術などを祓うことができる。妖怪ほどではないが神様にも効果がある。非常に汎用性が高く加減をすれば弱体化や気絶のみも可能で、術として扱えるようになれば拘束や神との主従契約もできる。現時点で判明している保持者は主人公とその前世である安倍晴明、その子孫たち。

妖怪学 妖怪特有の教科で、神酒が担当を務める。妖怪のこれまでの歴史や生い立ちについて学ぶ学問。

化学 かがくではなくばけがく。妖怪特有の教科として存在し、秦中が担当を務める。自身の妖怪としての特性や妖術を使った人間の化かし方を学ぶ学問。授業の一環で実際に人間を化かしてみることもある。

学区外ルール 百鬼学園の在校生が学区外で行動する際のルール。以下概要。

<壱> 妖術を使っているところを人間に見られてはいけない

<弍> 妖怪だということがバレてはいけない

<参> 外見が人型でない場合擬態もしくは容姿を隠すこと

妖怪省 この世界における妖怪の政府のこと。大臣は入道連助の父、入道一が務めている。設立から15年程しか経っておらず、法律が整備されたのもかなり最近。

百鬼学園七不思議 現時点で判明しているのは二つのみ。

1.ねずみ先生はいったいいくつなのか

2.どうやって秦中は教員免許を取得したのか

悪魔 現時点でわかっていることは少なく、その生態は不明。デーモン学園と言う学校があり、百鬼学園のバスケ部と試合を行ったことがある。作中で2回サタンが召喚されている(2回とも1ページのみの出現で、ギャグパートに当たる為、本編への実害無し[10])