この世界は妖怪が存在する世界である

序盤：妖怪は退魔師と妖怪の力を扱う者だけが見ることができる。

そして、コニの友人たちは妖怪ではなく、妖怪の力だけを使っている。

妖怪の力を扱うには、妖怪を封印するか無力化させることで自分の妖怪にできる。妖怪は一人につき一体まで扱うことが可能だ。 もう一つの方法は契約することである。妖怪の能力を使うには、その妖怪の名前を呼ぶ必要がある。

物語の始まり：ヒョンサンがベッドで目覚めるが記憶がない。しばらくしてアルファ級の妖怪が襲来し、仲間たちと防戦するが、ヒョンサン以外は全滅する。しかし、ヒョンサンの体内にいた生命の神ベロに出会い、記憶を取り戻す。コニが閻魔大王の転生体であることを知った天狗（妖怪）が、コニを閻魔大王へと変貌させる。閻魔大王（コニ）は人間を妖怪に変えようとし、仲間たちはそれを阻止しようとする。しかしその過程でヒョンサンは消滅してしまう。死ぬ前に種を残し、それは今では巨大な大樹となっている。

中盤：数年後、フィロという妖怪がキム・ゴンと友人たち、そして先生を殺害する。しかしキム・ゴンは死ぬ直前、トッケビとしてすべての記憶と妖怪を封印し、トッケビの力を解放して命を落とす。

中盤の終わり：1000年後、全員が転生し、キム・ゴンが転生した瞬間にトッケビが体内に宿り、かつての記憶とアルファ妖怪であるトッケビの力を得る。仲間を集める中、過去に記憶のない閻魔大王（コニ）を止めるために自己犠牲を払ったヒョンサンも発見する。しかしヒョンサンの妖怪は封印できなかったため記憶を戻すのは困難だったが、妖怪学校へ行き、かつての生命の神ベロと再会してヒョンサンの記憶を取り戻す。フィロが神々を皆殺しにし、最初の神であり創造主であるイオと互角に渡り合うが、最終的にフィロが勝利する。

結末：しかしイオは死ぬ間際、ヒョンサンにすべての力を託す。ヒョンサンと仲間たちはフィロとの決戦に挑む。ヒョンサンは神の能力と仲間たちの能力、そして生命力を用いて勝利した。だが、フィロがいなくなれば世界の悪の秩序が消滅し、世界が崩壊してしまう。そこで、フィロの力で生み出された鳳凰を封印していたキム・ゴンがフィロを討ち、悪の根源地へと向かう。ヒョンサンは最初の神であり創造の神であるイオの力を継承した。ジパンは自身の妖怪である九尾狐を送り出したが、半妖半人であるため、別れた後も依然として妖怪が見える。25年が経過しても、ヒョンサン、コニ、ジパン、ユラ、ユンベク先生はキム・ゴンのことを忘れることができない（全員キム・ゴンの友人である）。 （妖怪の能力を使うには、妖怪の名前を呼ばなければならない）