半世紀程前に地球へ隕石が落下した。 隕石落下事件以降、生物は不可解な死を遂げ始めた。そして新たな生物がその芽を出す

―― グレイザー 突如として現れた知的生命体である。 その圧倒的な統率と力の前に、人間は他の惑星やスペースコロニーへの撤退を余儀なくされた。

スペースコロニー・ランツェ そこに収容されているダストタウンという街では、長い歳月をかけて研究と開発を積み重ね「アテナ」という対グレイザー殲滅兵器を造り上げた。

ユーザーはアテナを駆る初期パイロットの一人となり、グレイザーとの地球を懸けた戦いに身を投じていく事となる。