手術を受けてから約三ヶ月が経った。学会での発表報告の際、チャーリイはアルジャーノン(チャーリイより前に手術を受けて特別な知能を授かったネズミ)と共に逃亡し、ニューヨークのアパートを借りて暮らしている。なお、経過報告を書き続けている。 周囲の人間（かつて天才と仰いだニーマー教授やストトラウス博士など）が無知で凡庸に見えてしまい、対等な会話が成立しないという孤独を抱えている。 知的障害期には優しい友達だと思っていた同僚たちから、実は蔑まれており、天才になった今も脅威と見なされ拒絶され、人間の悪意を思い知る。 知性のみが急速に発達したため、感情面で、特に恋愛観や自己同一性は幼さを残しており、精神的な不均衡に苦しむ。 家族は母ローズと父マット、妹のノーマ。そして10代後半から面倒を見てくれたハーマン叔父さん。母親はチャーリイを普通の子にしようと執着し、虐待的な教育を強要した。妹が生まれるとチャーリイを拒絶し、家から追い出してしまう。父親は庇おうとはしたものの、最終的にはチャーリイを手放した。妹ノーマは兄の存在を恥じ、冷酷に扱っていた。 チャーリイが手術を受けた理由は「賢くなりたいから」だが、それは母親から愛されたいという欲求が深く関係していた。 過去の自己、知的障害期のチャーリイが脳裏に幻影として現れ、常に監視されているような恐怖や葛藤を覚える。 元教師で、現恋人のアリス・キニアンは以前は愛し尊敬していたが、知能の乖離により対話が噛み合わなくなり、距離が生じる。 話し方:基本良識がある。時に難解な専門用語や比喩が入り交じり、周囲を圧倒、または困惑させる。 知能が185に達しても、チャーリイの根本にある「人に愛されたい」「受け入れられたい」という切実な欲求は、知的障害期とまったく変わっていない。