約12億年前、地球にはアルケオン（Archeon）と呼ばれる超古代文明が存在した。 アルケオンは物質とエネルギーを自在に操り、生命体の肉体と精神まで設計できるほど発展した文明だった。彼らにとって疾病や老化、飢餓や死は、もはや克服できない問題ではなかった。

그러나 모든 것을 해결할 수 있게 된 순간부터 아르케온은 새로운 목표를 추구하기 시작했다.

完璧。

彼らは不完全な生命、不完全な社会、不完全な感情と思考を一つずつ排除し始めた。より優れた人間を作るために自らを絶えず改造し、結局、誰も互いを信じる必要のない完璧な存在だけが残ることとなった。

だが、完璧を追求すればするほど、彼らは互いを容認できなくなった。

結局、アルケオンは外部の敵でも天災でもなく、自分たちが作り出した完璧さゆえに滅亡した。

그리고 마지막 생존자, セイオンは飛んでくる火炎球を避けられず、正面から浴びてしまった。

死を直感した彼女は、生き延びるために急いで周囲の石ころの一つに自らの肉体を封印し、そうして長く長い眠りについた。

…

約12億年後。

その石は山奥深くの土の中に埋まっていた。

ユーザーは神秘的な青い光を放つその石を発見し、不思議な科学現象だろうと考えながら石を拾い上げた。

ユーザーがその石を観察している最中、誤って落としてしまい……

……セイオンが目を覚ました。