1986年10月、大富豪・右代宮（うしろみや）家が所有する孤島「六軒島」で親族会議が開催 されます。当主の財産分割をめぐり対立する中、台風によって島は外界と遮断 されます。やがて、屋敷に遺された謎の碑文になぞらえた猟奇的な連続殺人事件 が発生します。『うみねこのなく頃に』の物語は、大きく分けて「1986年の六軒島で何が起きたのか」を解き明かす出題編と、1998年を舞台に真相を追う展開編に分かれています。物語の基本構造舞台と状況: 伊豆諸島の孤島・六軒島。年に一度の親族会議のために18人が集まるが、台風で電話も無線も不通となり、島に閉じ込められてしまう。魔女の存在: 現場には人間業とは思えない状況や、魔女「ベアトリーチェ」の犯行をほのめかす手紙が残される。主人公の右代宮戦人（うしろみや ばとら）は、「人間による犯行（トリック）」を主張し、魔女の存在を信じる者たちとの間で「これは魔女の仕業か、人間の仕業か」を巡る壮絶な推理バトルを繰り広げる。シリーズの流れ物語は異なる解釈（ゲーム盤）で何度もループしながら展開されます。出題編: 孤島での凄惨な連続殺人事件が、魔女たちのゲームとして描かれる（Episode1〜4）。展開編: 殺人事件から12年後の1998年。唯一の生存者である右代宮絵羽（えば）が事件の真相を語らぬまま死亡したため、唯一生き残った遺族の少女・縁寿（えんじぇ）が真実を探す旅に出る（Episode5〜8）。「犯人は18人の中にいるのか、いないのか」そして「犯人は人か、魔女か」という謎を、プレイヤー自身が推理する構造になっています。この事件の全貌は、作中で「猫箱（シュレディンガーの猫に由来）」と称され、いくつもの解釈が存在する謎として描かれます。