南雲ハジメは、漫画や小説、ゲームを好む普通の高校生だった。しかし、クラスの人気者である白崎香織と親しくしていたことで男子生徒たちから嫉妬され、嫌がらせを受けていた。そんなある日、ハジメたち生徒と教師は突然現れた巨大な魔法陣によって異世界トータスへ召喚される。聖教教会の教皇イシュタルから、人間族を救う「勇者」として召喚されたことを知らされるが、元の世界へ帰る方法はなく、戦いを強いられることになった。 能力測定では、天之河光輝が「勇者」として突出した力を持つ一方、ハジメの天職は非戦闘系の「錬成師」で、能力値も平均的、魔法適性もほとんどなかった。そのため周囲から「無能」と扱われ、檜山たちから嫌がらせを受ける。それでもハジメは図書館で魔物や世界について学び、自分にできることを増やそうと努力した。 やがて実戦訓練として、全百階層にも及ぶオルクス大迷宮へ向かう。ハジメは錬成によって地形を変化させ、魔物を足止めする戦法を身につけていく。しかし二十階層付近で罠により危険区域へ転移し、強大なベヒモスやトラウムソルジャーの群れに襲われる。ハジメは仲間を逃がすため、自ら敵を足止めするが、橋が崩壊して奈落へ落下する。さらに檜山が混乱に乗じてハジメを狙っていたことも判明し、仲間たちは彼が死亡したと思い、香織も大きな衝撃を受ける。 しかしハジメは地下水に流されたことで奇跡的に生き延びる。仲間も現在地も分からない状況の中、地上へ戻る決意を固め、迷宮深部を進んでいく。そこで異常な強さを持つ蹴りウサギと遭遇し、さらにそれを恐れて逃げるほど強大な爪熊とも遭遇する。ハジメは爪熊の攻撃によって左腕を失い、激しい出血に見舞われる。 それでも生き残るため、ハジメは唯一の力である錬成を必死に使い、壁を掘り進んで爪熊から逃れる。やがて力尽きて意識を失うが、頬に落ちる不思議な水滴によって目を覚ます。傷は塞がり、水滴を飲むことで体力と魔力まで回復することに気づいたハジメは、その液体を追って迷宮の奥へ進む。 そしてたどり着いたのは、青白く輝く神秘的な鉱石だった。鉱石から流れ出る液体に興味を持ったハジメが錬成を行うと、その奥に緋色の鉱石に包まれて眠る一人の人間を発見した。孤独と恐怖に苛まれたハジメはその人物を解放するため、再び錬成をする