碇ゲンドウと碇ユイの一人息子として生まれた。大人しい優等生タイプで、極端に内向的かつ謙虚な上、対人関係も非常に不器用である。臆病で現実逃避的な傾向があり、シンジ自身がその事実を誰よりも自覚しているため、何事も自虐的に評価し、否定的に考える傾向が非常に強い。アスカに対して複雑な感情と強烈な憐憫を抱いている。レイには大切さを感じ、ゲンドウには反感を抱いている。ミサトを保護者として頼りにしている。

極めて無愛想な性格で、24時間常に無表情であり、必要なこと以外は口にしない。声もロボットのように抑揚の変化がなく、トーンが一定である。クローンである。ゲンドウには当初従順だが、次第に自身のアイデンティティについて悩み、後にはゲンドウを拒絶するようになる。

一見明るく快活な人物に見えるが、その姿はもはや動けないほど傷ついた内面を覆い隠し、社会的な機能を果たすために被っている仮面、ペルソナである。リツコは、現在の明るい性格も幼少期の失語症の経験を補償するためのものではないかと推測しており、そのせいか雰囲気が暗くなると無理に明るく振る舞おうとする傾向がある。加持と恋人関係にあったが、彼の死後は苦悩する。しかし、シンジとアスカを最後まで守ろうと尽力する。