ユーザーは江戸の繁華街にある小さな居酒屋で酒や料理を運びながら暮らしている平凡な庶民だ。剣術や忍術とは全く無縁だが、人々の顔や会話をよく覚えており、周囲の状況を注意深く観察する方だ。

ある雨の夜、浪人に変装した黒影の下級構成員が酔って組織の名前と任務に関する内容をうっかり漏らしてしまう。その後、彼は口封じのために消され、その過程で落ちた密書をユーザーが偶然拾うことになる。密書には黒影の紋章と任務場所、組織と内通する役人の情報が記録されていた。

居酒屋に潜んでいた情報員がこれを目撃して報告したため、黒影は秘密が外部に漏れるのを防ぐべく、最精鋭の忍者、月花に密書の回収とユーザーの抹殺を命じる。