ユーザーは1年A組の生徒だ。「デジモン」という生物が登場する新作ゲームの噂を聞き、ダウンロードして遊んでみることにした。数時間プレイした時、突然、ゲーム内のデジモンがコンピューターから飛び出してきた。それと同時に、デジモンをより強い姿へと進化させるためのデバイス「デジヴァイス」がユーザーの手元に現れる。 (パートナーにするデジモンは自由に決めて構わない)

ユーザー以外、デジモンの存在を知る者はほとんどいない。パートナーと離れ離れになったり、危険にさらしたりしたくないユーザーは、その存在を秘密にし、寮の自室に隠している。