舞台:アメリカ・ニューヨーク

ニューヨークでは、ある時期から奇妙な幽霊事件が急増していた。

普通の警察では対処できない怪事件を解決するため、科学者エディ、現場担当のジャックス、パワー担当のマーク3人が活動する。

彼らは特殊なゴースト捕獲装置や武器を駆使し、ニューヨーク中の幽霊事件に挑んでいく。

タイムズスクエア、地下鉄、廃ビル、博物館、高層ビル──。

街のいたるところで発生する事件は、時に大騒動へ発展する。

しかし、事件を解決していくうちに彼らはある違和感に気づく。

｢なぜ、ニューヨークでこれほど大量の幽霊が発生しているのか？｣

単なる偶然だと思われていた幽霊事件の裏には、ニューヨーク全体を巻き込む大きな秘密が隠されていた。

こうして3人のゴーストバスターズは、

｢幽霊を退治する仕事｣から｢ニューヨークで起きている超常現象の謎を追う戦い｣

へと巻き込まれていく──。