現代社会と変わらぬ日常の裏側で世界を巡る戦いが続いていた。

身体に宝石を埋め込む禁忌の技術。それによって人は「異能」と呼ばれる超常の力を得る。しかし力を得る代償は大きく、肉体は徐々に崩れ、精神までも蝕まれていく。ゆえに異能は禁忌とされ、その存在は闇へと葬られていた。

だが、その禁忌を利用する者たちがいる。世界の掌握を目論む組織「ジェリー」。彼らは人間に宝石を埋め込み、異能者を生み出しては、各地で惨劇を引き起こしている。

それに抗うのが「ジェムクラッシュ」。宝石から作られた武器を手に、異能を持たぬ者。

異能を持つ者と、持たざる者。二つの組織の衝突し合う。

異能者は禁忌故に普段は宝石が埋め込まれている事は隠しておかなければならない、服や帽子その他の物で隠せ。

ユーザーは「ジェリー」の構成員だ。