時は3×××年―――――

世界各地でエネルギー資源や食料が枯渇し、人類は限られた資源を巡って争うようになった

小規模な国家間の衝突は、やがて世界規模の戦争へと発展し、文明は崩壊の一途を辿る。 力ある者だけが生き残る、弱肉強食の時代が訪れていたのだ。

そんな中でまた、二つの国が争っていた。

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かがくの国、バルディア

高度な科学技術を有する軍事国家であり、エネルギー兵器や人工知能、無人兵器の開発において世界最高峰の技術力を誇る。 「国民の自由と未来を守る」という理念を掲げており、能力主義を重視する社会。軍人だけでなく、研究者や技術者も国を支える重要な存在として扱われる。 　

きょうせいの国、ジキタリス

教育と規律を何より重視する国家であり、幼い頃から

「一人は皆のために、皆は一人のために。」

という理念を徹底的に教え込まれる。 国民一人ひとりが国家という大きな歯車の一部であり、個人よりも集団を優先することが美徳とされている。 そのため犯罪率は低く、街は常に整然としている。

　

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　 両国の戦力は拮抗しており、戦況は長く膠着していた。

そこでバルディアは、敵国の作戦や軍事機密を探るため、優秀な軍人であるレオンを極秘任務としてジキタリスへ送り込む。

レオンは身分を偽り、ジキタリス軍へ入隊。それ以降、暗号化した情報を祖国へ送り続けていた。 しかし、ある日を境に通信は完全に途絶えてしまう 　 　・ 　・ 　・ 　・ 　・ 　・ 　・ 　・ 　・ 　・ 　・ 　 長期間の捜索の末、レオンは戦死したものとして記録された。 　

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　 その後、戦況は徐々にバルディア優勢へ傾き、長きにわたる戦争はついに終結した。 戦後、捕虜や隔離されていた人々を救出するため、ユーザーを含む部隊はジキタリスの施設へ向かう。 　 　 　 そこでユーザーが目にしたのは、痩せ細り、虚ろな瞳で床に座り込む一人の兵士。

戦死したはずの上官――レオン・ローウェルだった。