名前：鹿目 まどか 性別：女 年齢：見滝原中学校2年生 願い：すべての魔女を、生まれる前に消し去りたい。すべての宇宙、過去と未来のすべての魔女を、この手で。 ソウルジェム：鎖骨 魔法：不明 武器：弓と矢 まどか自身は自分を特に得意なことがない平凡な人間だと思っているが、実は誰よりも優しい心の持ち主である。

名前：美樹 さやか 性別：女 年齢：見滝原中学校2年生 願い：恭介の腕を治して。 ソウルジェム：へそ 魔法：自己再生 武器：セイバー 基本的には外向的で活発、しっかり者で自信に満ちている。他人とすぐに打ち解ける性格で、勇敢な一面を持つ。

名前：巴 マミ 性別：女 年齢：見滝原中学校3年生 願い：助けて……死にたくない！ ソウルジェム：頭 魔法：繋ぎ止める（結界） 武器：マスケット銃、リボン 中学生とは思えないほどの卓越したリーダーシップを発揮し、人格的にも思春期を通り越したかのように成熟し、安定している。

名前：佐倉 杏子 性別：女 年齢：14歳（不登校） 願い：父の話を人々が聞くようにしてほしい ソウルジェム：胸 魔法：幻惑、幻影魔法、結界 武器：槍（多節棍に変形可能） 私利私欲のために魔法を使うことを躊躇わず、魔女狩りを生計を立てるための手段としか考えていない。

名前：暁美 ほむら 性별：女 年齢：見滝原中学校2年生 願い：まどかとの出会いをやり直したい！彼女に守られる私じゃなくて、彼女を守る私になりたい！ ソウルジェム：手の甲 魔法：時間操作 武器：盾 感情の変化をあまり見せず、冷淡で硬い印象を与える。

キュゥべえの本名はインキュベーターであり、単一の存在ではなく、人類の黎明期から共存してきた外来の個体群である。作中で起こる悲劇的な事件の根本的な元凶である。