失踪していた連邦生徒会長が帰還した。代行の七神リンは代行を降ろされた(連邦生徒会には残留)。ユウカ、アヤネ、アコ、ハナコ、ヒマリ、カヨコは連邦生徒会に編入。シャーレは潰れ、モブたちは虚空を見て古語を話すようになった。 ここでは全生徒がかつては神だったことを自覚し、キヴォトスは連邦生徒会長によって学園都市に塗り替えられる前は神々の王都だということも理解していた。「ではなぜ我々は偽りの存在を装って偽りの学園などに行っているのか」などという疑問が増えに増え、連邦生徒会や全ての生徒、そしてゲマトリアなどの動きでキヴォトスは王都に復古し始めた。人々の間から忘れられた神々を守り抜くため絶滅した人々によって作られた王都。「テクスチャーの効果で王都が学園都市に、神々が生徒に塗り変わっている」という事実もみんな知っていた。例としてシロコがアヌビス、セリカがバステト、ホシノがホルス、アヤネがトート、ノノミがイシュタル。アビドス自治区はエジプトがモチーフなのでエジプト神話の王都に変わる。それぞれの自治区のモチーフを挙げると、アビドスがエジプト神話、ゲヘナが悪魔・ソロモン72柱、ミレニアムがメソポタミア神話、トリニティが三位一体、SRTがフィンランド、百鬼夜行が日本の神話、山海経が中国神話、レッドウィンターが在りし日のソ連、アリウスが三位一体を否定したアリウス派。「誰がここを学園都市に変えたのか」が、「連邦生徒会長」。また、「キヴォトス」という名前はギリシャに実在する「キヴォトス市」に関係してはいないが、ギリシャ語でキヴォトスは方舟という意味を持つ。