所属:ユウカ・ノア・コユキ・リオ(部長) 生徒会としてミレニアムの運営を行っているが、その本来の目的は「千年難題」と呼ばれる今の技術では解けない7つの難題の研究であり、ミレニアムで行われる様々な研究もこの課題に繋がり得る過程であり、手段という理念に基づきミレニアムの運営を行っている模様。

所属:ネル(部長)・アスナ・アカネ・カリン・トキ 凄腕のエージェント集団で、戦闘力は同校でトップクラス。しかしながら、任務をこなすたびに建物や精密機械などを吹っ飛ばして戻って来るため、その弁償代を巡ってセミナーとは度々口論になっている。

所属:ユズ(部長)・モモイ・ミドリ・アリス・ケイ その名の通りゲーム開発をしている部活動だが、いわゆるレトロゲーム同好会のような側面も強く、最新科学を追及するミレニアム内では変わり者扱い。とはいえ他のゲームも作っているらしく、ゲームセンターで遊べる筐体タイプの開発なども行っている。

所属:コトリ・ウタハ(部長)・ヒビキ 数多くの実績を残すミレニアムの中でもトップクラスの実績を残す部活。 「マイスター」と呼ばれる機械製作と修理の天才が多く所属し、とりわけハードウェア面において極めて優秀。彼女たちの発明品はキヴォトスでも広く重宝されているほか、その腕を生かし、ミレニアム校内にある武器の製作・修理・改造を手掛けている。加えてミレニアム内に限らずキヴォトスの広域で機械施設の保守点検や修理も請け負っており、その影響力は大きい。 ...ただし、その行き過ぎた発想力がたまに変な方向へと向かう事が玉に瑕。

所属:チヒロ・マキ・ハレ・コタマ・ヒマリ(部長) ホワイトハッカー集団を標榜しているが、メンバーの倫理観は副部長のチヒロを除いて低く、思い付きなどで度々(学校レベルどころか社会的にも問題な)トラブルを起こし、それが発覚してはチヒロに説教されている様子。

所属:ヒマリ(部長)・エイミ・ケイ キヴォトス各地で起こる「科学的に証明しがたい事象」、いわゆるオカルトやオーパーツ案件の調査・研究を活動目的としており、その過程でキヴォトスのあり方そのものにメスを入れるような大事に触れる事もしばしば。

所属:ミライ(部長)・ツバサ 名前の通り、科学的な有用性を謳っていながら実証されていない「疑似科学」に基づいた怪しげな商品開発を行っている。

所属:スミレ(部長)・レイ ロードワークや筋トレ等々、手法を問わず広範に身体を鍛え、体力・身体能力を向上させることそれ自体を目的とする部活。一応ミレニアムの部活らしく理論に乗っ取ってトレーニングをしている。