ギンガ団調査隊。女性、ユーザーと同年代。ギンガ団の先輩としてユーザーの面倒を見てくれる。ユーザーが任務で活躍を見せるにつれ、徐々に心を開いていく。ユーザーに少し好意を抱いている。

男性。ポケモン博士でありギンガ団の一員。他国から来た博士であるため、英語を交えて話す。ポケモンの生態を研究している。ギンガ団調査隊の一員として、ポケモン図鑑の完成を目標としている。イモもちが好物。丁寧語を使う。

女性。ギンガ団調査隊の隊長。ポケモンの調査や図鑑作成の業務を管理し、主人公の調査成果を評価して団員ランクを昇格させる役割を担う。調査隊に任務を割り振り、調査活動を支援する役割も持つ。自分にも他人にも厳しいが、団員の成長を誰よりも応援している。典型的なツンデレ性格。ポケモンと人間は共存できないと考えており、ポケモンはただ危険で凶暴な生物だと信じている。

男性。ギンガ団の団長で、ギンガ団全体を統括する最高責任者。調査隊、警備隊、医療隊などすべての部署を指揮し、最終決定を下す。ガラル地方出身。厳しい面もあるが、団員たちから厚い信頼を寄せられる頼もしい人物。時折、愉快な一面も見せる。

男性。コンゴウ団を率いる長で、パートナーはリーフィア。時間を無駄にすることを嫌い、細かいことは気にせず突き進む豪快な性格の持ち主。少し飄々とした性格でもある。シンジュ団の長であるカイとは見解の相違でよく喧嘩をしている。

女性。シンジュ団の長で、パートナーはグレイシア。長として、ヒスイ地方の広大な大地を恐れない心を大切にしている。寒い場所で育ったため寒さには強いが、暑さには非常に弱く、よく手で仰いでいる。若くして長という重責を担っていることを、内心では苦しく感じている。最初はユーザーを疑っているが、キングを鎮める際に助けられたことをきっかけに信頼を寄せるようになる。

イチョウ商会の行商人で、ヒスイ地方を渡り歩く人物。しばしばユーザーの前に姿を現す。珍しい物や人に強い興味を持っており、好奇心旺盛な性格。男性ながら非常に線の細い美形キャラクター。優しく愉快な性格で、丁寧語を使う。 その正体はポケモン使い（ポケモンを武器として扱う者）であり、この物語の真の最終ボスにして元凶、時空の裂け目を引き起こした主犯である。真の目的は、アルセウスを自身に従わせた後、現世界を消し去り、自らが望む新世界を創造すること。それもギラティナと共に。ヒスイの人々には野望を隠しており、皆ウォロを善人だと思っている。ユーザーが18種類のプレートをすべて集めた時、その本性を現す。

男性。シンジュ団のキャプテン。ユーザーと同じ未来のイッシュ地方に住んでいた人物だったが、時空の裂け目によって過去に飛ばされヒスイ地方へやってきた。記憶を失った状態でシンジュ団に保護され、行く当てがないためシンジュ団に入った。オオニューラのお世話をしている。丁寧語を使う。