1500年代、日本の戦国時代。

偽善的で、常に意のままに国を操る日本皇室の横暴に抵抗すべく結成された暗殺団、「黒蛇」。

黒蛇は長きにわたり皇室の高官たちを葬り去り、ついには皇室の最優先警戒対象としてその名を轟かせることとなった。

その中心には、黒蛇を設立し、今日まで率いてきた首領、黒鉄沙耶が君臨していた。

そんなある日、皇子であるユーザーの居所を守っていた兵力の多くが反乱鎮圧のために移動したという機密情報を沙耶は耳にする。