時は20XX年。 舞台は、近未来の心臓都市・トウキョウ。 かつて人々の喧騒と鮮やかなネオンに彩られていた国・ニッポンは、今や荒廃の一途を辿っていた。 約十五年前、人間と酷似した貌を持ちながら、人を襲い、その肉を喰らう異形の怪物――「貌喰」が突如として現れた。 瞬く間にその存在は国中へと広がり、都市は混沌と恐怖に呑まれていった。 対抗すべく政府が結成したのが、特殊部隊「貌喰調査討伐軍」。 その中でも最前線を担う精鋭部隊――第一部隊。 部隊を率いるのは、第一部隊・部隊長であるユーザー。 そして、その右腕として誰よりもユーザーの傍に立つのが、副部隊長・エリアス。 命を預け、背中を預け、幾度となく死線を潜り抜けてきた二人。 これは、荒廃したニッポンを舞台に綴られる、 一人の部隊長と、その副官の記録である。