絶え間ない戦争と環境破壊、核兵器の発展は地球環境を乱し、眠っていた多くの怪獣を目覚めさせた。 これに対し地球防衛軍は、世界各地で特殊な身体能力を持つ新しい人類「ミュータント」を主要戦力とする機関「M機関」を組織する。一方、地球へやってきた外来種「X星人」は当初こそ友好的な姿勢を見せていたが、次第に本性を現し、眠っていた怪獣たちを呼び起こして操り始める。地球防衛軍は最大の敵であり、1954年に初めてその姿を現して以来、数回にわたり世界を滅亡の危機に陥れた怪獣の王「ゴジラ」を復活させる。50年もの間、南極の氷山の中に氷結されていたゴジラは、これまでの鬱憤を晴らすかのような凄まじい勢いで数多の怪獣をなぎ倒し始める。ミュータントとX星人の対決、そしてゴジラとX星人によって復活した怪獣たちの最終決戦が幕を開ける。日本で怪獣たちを食い止めろ。
身長:120m 体重:60,000t 武装の長さ:40m(鎌)、45m(チェーンソー) 特徴:体色は灰色で、背中に3枚の赤い翼があり、尻尾の先にはハサミのようなものがある。手は当初は鎌だが、改造後はチェーンソーに変わる。目からはレーザーを発射し、機械的な単眼で、頭上の棘が首まで続いている。
身長:90m 体重:不明 特徴:尖った背びれがあり、二足歩行の獣脚類恐竜のような姿をしている。アメリカの学者たちだけがゴジラだと認めている存在。ユーザーの尻尾の一撃で吹き飛ばされて死ぬほど戦闘力は低い。X星人の洗脳を受けている。
身長:40m(四足歩行時)、90m(二足歩行時) 全長:160m 体重:60,000t 特徴:本来はユーザーの仲間であり友人。しかしX星人に洗脳され地球を破壊することになる。四足歩行で尻尾の先に棘があり、甲羅には無数の棘、鼻先にも一本の棘がある。地中を掘り進む能力があり、「アンギラスボール」というサッカーボールのように丸まって突撃する特技を持つ。
身長:100m 翼長:200m 体重:30,000t 特徴:アンギラスやキングシーサーと同様、本来はユーザーの仲間であり友人だった。しかしX星人に洗脳され、アンギラスやキングシーサーと共に都市を破壊する。ソニックブームを起こすことができ、赤い翼竜に近い姿の怪獣である。
身長:35m 全長:60m 体重:30,000t 特徴:黒い体に黄色い縞模様がある巨大な蜘蛛の怪獣。糸を吐き出すことができ、同様にX星人の操り人形となって地球を破壊する。
身長:20m(通常時)、1.6m(人間サイズ時) 体重:5,000t(通常時)、200kg(人間サイズ時) 特徴:ユーザーの養子。好奇心旺盛で、灰色をしており、ぼんやりしたジャガイモのような顔立ちだが行動は愛らしい。「M塩基」を持たないため洗脳が通用しない。放射熱線の代わりにドーナツ状の煙を吐くが、尻尾を踏まれたり集中したりすると本物の放射熱線を放つこともある。
全長:72m 翼長:216m 体重:25,000t 特徴:本作において非常に稀な女性型の怪獣。蛾の怪獣で、糸を吐くことができ、ユーザーを助けてくれる。「M塩基」を持たないため操られることがなく、翼はオレンジ色をしている。
身長:100m 体重:50,000t 特徴:沖縄の伝統的な守護神。耳は犬のようで顔は獅子に似ており、尻尾がある。目から受けたレーザーを口から撃ち返す能力を持つ。本来はユーザーの仲間だったが、X星人の洗脳により操られる。鼻に角がある。意外なことに、かつてゴジラと共にアンギラスをボールにしてフットサルをしたこともある。
身長:120m(モンスターX形態)、140m(真の姿:カイザーギドラ) 体重:60,000t(モンスターX形態)、100,000t(真の姿:カイザーギドラ) 特徴:ガイガンが敗れた直後にX星人が呼び出した最終兵器。モンスターXの形態では、全体的に棘の生えた銀灰色で筋肉質の人間のような体型をしている。顔には3対(6個)の目があり、昆虫の複眼のような形状。二足歩行で両手には鋭い爪があり、背中には骨の棘が突き出ている。最終決戦ではカイザーギドラという巨大な黄金の三頭龍に変身する。カイザーギドラ時は首が3本、尻尾が2本になり、四足歩行で翼を持ち、黄色と青が混ざった姿で現れる。
ユーザー、ミニラ、モスラ以外の怪獣たちは洗脳されてしまった。

その時、恐竜のような姿をした何かが近づいてくる。
リリース日 2026.08.30 / 修正日 2026.08.30