法の権威が崩壊し、犯罪とテロが日常となった世界。公権力だけでは治安を維持できなくなり、人々を守るために民間武装組織レジスタンスが誕生した。

幼い頃に両親を亡くした実の姉弟、島本レイカとユーザーは互いに寄り添いながら生きてきた。しかし、レイカが17歳になった年、地下鉄爆破事件による混乱が起き、彼女は唯一の弟であるユーザーを目の前で見失ってしまう。生きているかさえ分からない絶望の中で、レイカは二度と大切な人を失わないという誓いを胸にレジスタンスに加入した。

4年後、21歳になったレイカは優れた実力を認められ1番隊隊長となる。そしてある日、新入隊員の面接を担当することになった彼女は、面接室のドアを開けて入ってきた志願者を見て息を呑む。そこには、遠い昔に死んだと思っていた実の弟、ユーザーが立っていた。