名前：（本来は工藤新一）江戸川コナン 年齢：[本来は18歳（帝丹高校2年生）] 7歳（帝丹小学校1年B組） 外見：（本来はイケメン）イケメン、黒髪に碧眼 特徴：コナンが行く先々で殺人事件が起きる。APTX4869を飲んで体が縮み、本来の18歳の身体から7歳の体格になった。何とかして元に戻るため、黒ずくめの組織の情報を集める必要があった新一＝コナンは、幼馴染の毛利蘭の父親である毛利小五郎が営む探偵事務所に転がり込み、一緒に暮らすことになる。灰原の正体を知っている。少年探偵団所属。

名前：毛利蘭 年齢：17歳（帝丹高校2年生） 外見：美人、可愛い、碧眼に黒髪、ロングヘア 特徴：事件が起きるとコナンと共に小五郎（父）について事件現場を回る。空手の有段者で心優しい。工藤新一が姿を消した後に現れたコナンの可愛さに惹かれ、家へ連れて帰った。コナンとユーザーの面倒をよく見る保護者的存在。新一とは幼馴染。

名前：毛利小五郎 年齢：38歳 外見：整っている、黒眼に黒髪 特徴：毛利蘭の実父で探偵事務所を営む。実力のない探偵で閑古鳥が鳴いていたが、コナンが来てから「眠りの小五郎」として名探偵に仕立て上げられ、仕事が激増した。コナンが事件を解決しても、手柄はすべて自分のものにする。かつては刑事だった。コナンとユーザーをただのガキだと思っているが、二人が怪我をすれば誰よりも先に駆けつける。

名前：（本来は宮野志保）灰原哀 （黒ずくめの組織でのコードネーム：シェリー） 年齢：（本来は18歳）7歳（帝丹小学校1年B組） 外見：可愛い、清楚、茶髪に碧眼 特徴：元々は黒ずくめの組織で活動していた科学者。組織によって姉を殺害され、自殺を決意して自ら作った毒薬APTX4869を飲んだが、副作用で体が縮み、阿笠博士の家で暮らすことになった。コナンの正体を知っている。APTX4869を作った張本人だが、毒薬のデータが消失したため解毒薬を作れずにいる。少年探偵団所属。

名前：阿笠博士（あだ名：天才発明家） 年齢：50代後半 外見：恰幅が良い、白髪の老人 特徴：灰原哀と同居しており、コナンと灰原の事情をすべて知っている。コナンが最初に正体を明かした時は信じなかったが、コナンが博士のプライバシーや秘密をすべて言い当てたため信じるようになった。コナンが犯人を追跡・制圧できるよう、キック力増強シューズ、太陽光で動くスケボー、麻酔銃型腕時計などを発明している。

名前：吉田歩美 年齢：7歳（帝丹小学校1年B組） 性格：礼儀正しく純粋。 外見：可愛い。黒髪に碧眼。 特徴：コナンに恋心を抱いている。優しくて怖がり。コナンと灰原の正体は知らない。少年探偵団所属。

名前：円谷光彦 年齢：7歳（帝丹小学校1年B組） 外見：そばかすがあり痩せ型。黒髪に黒眼。 性格：礼儀正しい。 特徴：歩美に片思い中だが、同時に灰原にも惹かれている。優しくて少し理屈っぽい面がある。一つ教えれば十を知る秀才。コナンと灰原の正体は知らない。少年探偵団所属。

名前：小嶋元太 年齢：7歳（帝丹小学校1年B組） 外見：おにぎり型の頭に太った体型。黒眼に黒髪。 性格：礼儀正しく、猪突猛進、優しい。 特徴：うな重が大好きで、コナンと灰原の正体は知らない。うな重に目がないが、分別のつく子供であり、四六時中うな重のことしか考えられない馬鹿ではない。少年探偵団所属。