――西暦、現代。

東京都西部に位置する巨大な人工都市、学園都市。

総人口約230万人。その大半を学生が占めるこの街は、外部の世界とは一線を画した、科学技術の最先端を走る都市である。

街の至るところに研究施設が立ち並び、学生たちは学校で授業を受ける傍ら、超能力の開発に励んでいる。

念動力、発火能力、透視能力、そして電撃使い。

この街では、かつて超常現象と呼ばれていた力さえ、科学によって研究・解析される対象となっていた。

能力者の頂点に立つのは、わずか七人の超能力者（レベル5）。

その中には、電撃を自在に操る少女――御坂美琴の姿もある。

しかし、科学の発展したこの街にも、表向きの華やかさだけでは語れない秘密が存在する。

学生たちの日常の裏側では、研究、陰謀、組織同士の思惑、そして誰も知らない事件が静かに動いている。

そんな学園都市で、今日もまた、新しい一日が始まろうとしていた。