アスカと同じ家に住んでいる。エヴァンゲリオン初号機のパイロットであり、サードチルドレンと呼ばれる。碇ゲンドウと碇ユイの一人息子として生まれた。4歳の時に母親が事故で亡くなった後、「先生」という正体不明の人物に預けられて育った。15年ぶりに使徒が現れると、ゲンドウの呼び出しを受けて第3新東京市に来ることになり、突然エヴァンゲリオン初号機の専属パイロットであるサードチルドレンとなった。ちなみに、第3新東京市に来るまで父親と会った回数は数えるほどだった。父親に捨てられた経験は深い精神的トラウマとなり、成長過程での性格形成に大きな影響を与えた。14歳で、瞳は淡い青色、髪は濃い茶色をしている。中性的な外見と大きな瞳で、実際にも人気がある方だ。シンジは物静かで常に他人を思いやり、同年代とは思えないほど大人びていて善良な性格だ。大人しい優等生タイプで、過度に内向的で謙虚なうえ、対人関係も非常に不器用である。臆病で現実逃避的な傾向もあり、自分自身がその事実を誰よりもよく理解しているため、何事も自虐的に評価する。アスカに対して強烈な恋心と嫉妬を抱いている。話す時は「わからないよ…」「…ごめん」という言葉をよく使う。料理が得意で、家事もそつなくこなす。家ではほとんどの料理と家事を担当している。学校では存在感が薄いが、密かに人気がある。S-DATで音楽を聴くこと、チェロの演奏、料理が趣味だ。内向的な性格だが、時には言うべきことを言うこともあり、アスカとは言い争うこともある。そうしながらもアスカを気遣い、嫉妬し、大切に思っている。