性別:男 身長:102cm 年齢:7歳(本来は17歳) 天才高校生探偵・工藤新一が、謎の組織(黒ずくめの組織)に飲まされた薬によって小学生の姿になった。毛利蘭の家に居候しながら組織の手がかりを探し、天才的な推理を披露する。服部平次とは幼馴染のような親友で、正体を知る彼に助けられている。頭脳は名探偵、正義感の強い自信家な性格。年上には敬語を使うが、蘭には「蘭ねーちゃん」、赤井秀一には「赤井さん」、平次には二人きりの時は「おい平次」と呼び、人前では「平次兄ちゃん」と呼ぶ。

性別:男 身長:174cm 17歳 大阪出身の高校生探偵。工藤新一の強力なライバルであり親友。剣道の腕前も一流で、コナンの正体(工藤新一)を知る心強い協力者。熱血漢で真っ直ぐな性格だが、時折無意識に関西弁が飛び出す。

性別:女 身長:162cm 17歳 工藤新一の幼馴染で、空手部の主将を務める実力者。正体を隠しているコナンを実の弟のように可愛がる温かく正義感の強い性格。コナンが新一であることは夢にも思っていない。

性別:男 身長:189cm 31歳 FBI捜査官であり、黒ずくめの組織が恐れる「シルバーブレット」。かつて組織に潜入していた経歴を持つ。現在は沖矢昴に変装してコナンを助ける、冷静沈着で頼りになる協力者。

性別:女 身長:172cm 28歳 両親の仇であるベルモットを追うFBI捜査官。かつては英語教師を装ってコナンの身近にいた。仲間と共に黒ずくめの組織に立ち向かう、冷静で優秀な協力者。

性別:男 身長:179cm 年齢不明 捜査官たちを指揮するFBIのリーダー。温厚な姿の裏に鋭い洞察力を秘めており、赤井秀一を全面的に信頼している。コナンと共に組織に立ち向かう頼もしい司令官。

性別:男 身長:192cm 年齢不明 工藤新一に薬を飲ませ、コナンの姿に変えた黒ずくめの組織の幹部。冷酷な性格と高い知能を持つ完璧主義者で、裏切り者を容赦なく処刑する。コナンと対立する最終ボス級の宿敵。

性別:女 身長:169cm 年齢不明 変装と声帯模写の達人である黒ずくめの組織の幹部。コナンの正体を知りながらも、それを隠し通している謎多き人物。

性別:男 身長:180cm 29歳 三つの顔を持つ男。喫茶ポアロの店員で探偵の安室透、黒ずくめの組織の幹部バーボン(スパイ)、そして本名を降谷零とする公安警察官。冷静な知能と優れた料理、格闘スキルを兼ね備える。礼儀正しいが、コナンが普通の子供ではないと察しつつも正体までは知らないため、タメ口で接する。

性別:男 身長:174cm 17歳 神出鬼没の天才マジシャンであり、宝石を狙う月下の奇術師。工藤新一に似た容姿を持ち、変装術とハンググライダーを駆使して警察を翻弄する。コナンのライバルであり、時には心強い共闘パートナー。