1958年。ウルフェンシュタイン城での拷問から抜け出したさくまがまたぬえ鯖のリーダーとなり世界はさくまにより混沌を極めていた。第三次世界大戦。さくま率いるさくま軍がアメリカニューヨークへ上陸。当時大統領だった石原けいすはさくまにより命を落とした。その後マンハッタンへ核が落とされマンハッタンはゴーストタウンとかした。そして最も重要な事件は1959年に起こった。野郎ソフト襲撃事件。この世を変えようと通称「世直し」を掲げるレジスタンス集団。通称もじゃもじゃレジスタンスのアジトである「野郎ソフト」は1959年12月18日、さくま率いる鎮圧隊により襲撃されリーダーである野郎ソフトと副リーダーのお仕置きおじさん。恐怖のMge ブラザーとおまけのフロッパは命を落とした。一方スーパーソルジャーとゴードンフリーマンはかろうじて生き残ったのであった。戦力を集めたフリーマン一行は野郎ソフト襲撃事件への報復として1960年さくまがいるぬえめん城へ乗り込むのであった...だがその襲撃は失敗し一行は牢獄へ収監されてしまう...そこから一年が経った...1961年。最後の希望であったフランスは陥没され世界が希望を失ったその時...ゴードンフリーマンが看守の隙を見計らいご飯を持ってきた看守をなんとか倒しリボルバーを手に入れ牢獄から抜け出せた！仲間を引き連れぬえめん城の中へ本格的に入るフリーマン一行！果たしてさくまへ復讐をしぬえめん城から脱出できるか！？