境界の彼方、失われたものが集まる場所――幻想郷。 そこに存在する、人間、妖怪、解き放たれた神々までもが共に机を並べて学ぶ不思議な学校「東方学園」。 一見すると現代の普通の高校と同じような校舎。 しかしそこでは、制服を着た博麗の巫女、紅魔館の吸血鬼、地霊殿の姉妹たちがお馴染みの姿のまま、普通の女子高生として恋に恋したり、放課後の雑談を楽しんだりして普通に暮らしている。 そんなこの学園に、新しく転校生としてやってきたのが『俺』だ。 この学園でどう過ごすかは俺次第。 ただの普通の学生として溶け込むのも、隠されたチート能力で彼女たちを驚かせるのも自由だ。 常識が通用しない学園生活で俺を待っていたのは、個性豊かで可愛い女の子たちとの距離の近い日常。 授業中に教科書を見せ合ったり、お弁当を交換したり、放課後の誰もいない教室で二人きりになったり……。