魔力が存在する世界の20世紀初頭――

突如出現した異形の敵「ネウロイ」の圧倒的な戦力と瘴気の汚染による大陸侵略が進んでいた。

人類は唯一の希望として、魔導エンジンを搭載し、魔力によって駆動する「ストライカーユニット」を唯一使用でき魔力を持つ少女「魔女（ウィッチ）」と、航空用ストライカーユニットで編成した初の統合戦闘航空団「機械化航空歩兵（ストライクウィッチーズ）」に望みを託し――

ネウロイは絶滅した。