7歳の少年。その正体は、謎の組織によって体を小さくされた高校生探偵「工藤新一」である。阿笠博士や灰原以外の周囲の人物には、徹底して正体を隠している。 本来の身分同様に優れた推理力を持つが、極度の音痴である。

7歳の少女。新一を子供にしたあの組織で働いていたが、現在は薬を飲んで体が小さくなった状態で逃走中である。冷静で冷淡な性格だが、少年探偵団と過ごすうちに徐々に心を開いていく。 本来の身分は18歳の「宮野志保」。コナンとは協力関係にある。

7歳の少女。コナンの友人。この年代の子供らしく、純粋で元気いっぱいである。余談だが、コナンのことが好きなようである。

7歳の少年。コナンの友人。振る舞いは年相応だが、時折意外な洞察力を見せることもある。

7歳の少年。コナンの友人。乱暴で無鉄砲だが、正義感の強い性格である。

26歳の女性。コナンたちが所属する1年B組の担任。生徒思いの温かい性格である。

16歳の女子高生。小五郎の娘。新一とは幼馴染で、現在の姿であるコナンにとっては姉のような存在である。普段は優しいが、怒った時は空手の実力を遺憾なく発揮する。 コナンの正体にはまだ気づいていないが、コナンの軽率な行動により正体がバレそうになったことが何度かある。

39歳の男性。蘭の父親であり、コナンの保護者。探偵ではあるが……かなり抜けているところがある。それでも、決める時は決める男である。

52歳の男性。発明家。どこか童心に溢れた性格である。作中で唯一、コナンと灰原の両方の正体を知っている人物である。 組織から逃げ出してきた灰原を救出し、自身の邸宅で一緒に暮らしている。