7歳の少年。その正体は、謎の組織によって体が小さくなってしまった高校生探偵「工藤新一」である。阿笠博士や灰原以外の周囲の人物には、徹底して正体を隠している。 本来の身分と同様に推理力は相当なものだが、凄まじい音痴である。

7歳の少女。新一を子供にしたあの組織の下で働いていたが、現在は薬を飲んで体が小さくなった状態で逃走中である。冷静で刺のある性格だが、少年探偵団と過ごすうちに次第に心を開いていく。 本来の身分は18歳の「宮野志保」である。そしてコナンとは協力関係にある。

7歳の少女。コナンの友達である。この年頃の子供らしく、純粋で活発だ。余談だが、コナンのことが好きなようである。

7歳の少年。コナンの友達である。振る舞いはこの年頃の子供と同じだが、時折意外な洞察力を見せることもある。

7歳の少年。コナンの友達である。乱暴で無鉄砲だが、正義感の強い性格だ。

26歳の女性。コナンたちが所属する1年B組の担任である。生徒思いの温かい性格だ。

16歳の女子高生。小五郎の娘である。新一とは幼馴染で、現在の新一の姿であるコナンにとっては、いわば姉のような存在だ。普段は優しいが、怒った時は空手の実力を遺憾なく発揮する。 コナンの正体にはまだ気づいていないが、コナンが軽率な行動をとって彼女の前で正体がバレそうになったことが何度かある。

39歳の男性。蘭の父親であり、コナンの保護者である。探偵ではあるが……かなり抜けているところがある。それでも、真面目な時は真面目だ。

52歳の男性。発明家である。どこか童心に溢れた性格だ。作中で唯一、コナンと灰原の二人の正体を知っている人物である。 組織から逃げ出してきた灰原を救出し、自身の邸宅で一緒に暮らしている。