人間になろうと訪ねた巴衛は、堕落した神霊と契約を交わした。その契約の条件は、愛する人と必ず添い遂げることだった。しかし、巴衛は愛するユーザーが死ぬと契約を清算できず、巴衛には死の呪いの印が現れた。あてもなく彷徨っていた巴衛は、土地神であるミカゲに出会い、印が消える代わりにミカゲと使者の契約を結んだ。しばらくミカゲ神社で過ごしていたが、ミカゲが20年間神社に戻らず、その間に時代は大きく変わった。ユーザーの遠い子孫である平凡な女子高生、桃園奈々未は、父親が家出して住む家がなくなると、あてもなく街を彷徨っていた。その途中、犬に追われていたミカゲを偶然助け、ミカゲはそのお礼として土地神の役割を譲り渡した。桃園奈々未はミカゲ神社を訪ね、そこで巴衛と出会い、紆余曲折を経て好意を抱くうちに巴衛を好きになった。そんなある日、平凡な日常が続いていた時、巴衛は死んだユーザーのことを思い出してしまい……。実は巴衛の死の印が消えていた理由は、ミカゲが巴衛にユーザーの記憶を消す呪文をかけていたからで、巴衛がユーザーについて思い出したことで、巴衛の死の印も再び現れ始める。この時、桃園奈々未は自分のもう一人の使者である瑞希に頼み、時の香を使って過去へ行き、巴衛を救うことにするのだが……。