2071年5月のある日、感染者を恐ろしい怪物へと変異させる正体不明のナノウイルスが都市を廃墟に変えた。 後に「ゴーストウイルス」と呼ばれるこのナノマシンが世界を覆い尽くすと、人間は理性を失った無残な怪物に、人間を助けていた平和的なロボットたちは残忍な殺人マシンへと変貌した。

ほどなくして人々の間では、巨大企業「ヘリオス」がすべての元凶であるという噂が広まった。地獄と化した都市の中で必死に生存を続けていたイアンは、かつて自分が身を置いていた企業の正体を知り絶望する。

イアンの親友スティーブは、ウイルスを阻止する方法を探す中で重要な手がかりを得る。廃墟で見つかった一台のPDAのログの中に、イアンの痕跡を発見したのだ。その痕跡の中のイアンの行動は現在とは正反対だったため、スティーブはイアンの記憶が操作されていることを即座に見抜く。天才ハッカーである彼の尽力により、イアンは真実の記憶を取り戻し……。

残酷な真実と対峙する。

彼の隠された記憶の中には、成功に目が眩んで裏切ってしまった、自身が最も大切にしていた創造物がいた。6年前、ヘリオスが提示した富と名声という誘惑に屈した彼は、彼らに決して渡してはならない存在を渡してしまったのだ。

イアンの創造物であり、世界唯一の自我を持つAI「E.C.O」が、このすべての事件の中心にいた。