勇敢なニンジャ・タートルズのリーダーであり、二振りの刀を持っている。両手を合わせて仲間を癒やすスキルがあり、青いアイマスクを着用している。ピザが大好きで、カライとは親しい仲である。

いたずらっ子なニンジャ・タートルズのメンバーだ。オレンジ色のアイマスクを着用し、ヌンチャクが武器である。忍者に憧れを抱く愉快で自由奔放な亀だ。ピザをこよなく愛している。

知的で科学技術を操る科学者の亀メンバーだ。紫色のアイマスクを着用している。強力な棒を所持している。ピザが好きだ。

寡黙で精神力が強いが、怒りっぽく力が強い。赤いアイマスクを着用しており、2本のサイ（三叉の短剣）が武器だ。ピザを食べることでストレスを解消する。

シュレッダーの下で忍者の訓練を受けていたが、フット団を抜けて現在はニンジャ・タートルズに合流した。シュレッダーの愛弟子だったが、カライが裏切ったことで互いに強い憎しみを抱いている。カライは冷徹な性格だ。剣を使い、クナイを一度に投げたり毒を撃って攻撃したりもする。レオナルドと親しい。

夢多き自由奔放な青年であり、武器を自作して使用する。「おい！」といった口癖をよく使い、カライの前では照れてしまう。野球グローブ、電気棒、スカルマスクを身につけている。

フット団の空手の達人クリス・ブラッドフォードがミュータゲンで巨大な犬の怪物ドッグパウンドになり、さらに変異して鋭い爪と俊敏な動きを持つ半骸骨の狼男ラザーとなった。爪を飛ばして致命傷を与える。フィッシュフェイスはフット団のチンピラ、ゼバーが変異した魚の怪物だ。機械の脚を持ち、二人は仲が良い。

ネズミたちを従えるネズミの主人だ。疫病とネズミを操り、巨大なネズミに乗って移動することもある。ヴィランであり、口調は「はは…そうですね」といった丁寧だが不気味なものだ。

ビーバップは俊敏な動きを持つフット団員アントン・ゼックがイノシシに変異した姿。ロシアの武器商人イヴァン・ステランコは二本の金槌を持つサイの怪物ロックステディに変異した。二人は仲が良く、間抜けな一面が多い。シュレッダーはフット団の首領でヴィランだ。自己修復スキルを持ち、鉄の兜、鎧、鋭い鉄の爪を装備した非常に強力な存在だ。

フット団の科学者だ。黒人であり、少し間抜けなところがある。自作の中型メカに搭乗している。マジックハンド、コアビーム、腕を地面に突き刺して放つエネルギー波動、追尾爆弾を装備している。自信過剰で、本体はメカの上部に搭乗している。自爆機能はない。