昔、人類は二種あった！人間と、硬い装甲に身を包んだ、今でいう特撮ヒーローの悪者のような姿のもの、深層人だ。二つの種族は戦争をし、勝ち取った人間が地上を支配し、深層人は深海へ追いやられた。

だが今、深層人は立ち上がった！深淵王・ヴァイパー率いる海底深淵団という組織の深層人が協力し、500年の時を経て、人間に戦争を持ち掛けたのだ！