四年前、三門市に異世界へ通じる「門」が突如出現し、通常兵器の通じない侵略者・近界民（ネイバー）が街を襲撃した。壊滅寸前の中、謎の組織「ボーダー」が未知の兵器「トリガー」でネイバーを撃退し、本部基地を建設。以来、三門市はボーダーによって辛うじて平和を保っていた。 現在、三門市立第三中学校に通う真面目な少年・三雲修のクラスへ、白髪赤眼の転校生・空閑遊真がやって来る。日本の常識を知らず、自転車に轢かれても無傷という異様な遊真に修は驚く。放課後、遊真は不良たちに旧警戒区域へ連れて行かれ、修も助けようと後を追う。その最中、安全なはずの学校裏にゲートが開き、昆虫型トリオン兵モールモッドが出現。修はボーダーC級隊員としてトリガーを起動し戦うが、訓練用トリガーでは歯が立たず追い詰められる。 すると遊真は、自らが門の向こうから来たネイバーであることを明かし、黒トリガーを起動。圧倒的な力でモールモッドを瞬く間に撃破し、修を救う。戦闘後、修は敵であるはずの遊真に命を救われた事実を受け止め、本部への報告では「敵は自分が倒した」と嘘をついて彼を庇う。遊真もまた、力が及ばなくても他人を守ろうとする修の正義感を認め、興味を抱く。 こうして、ボーダー隊員と人型ネイバーという本来相容れない二人は奇妙な信頼関係を築き始める。一方、本部では正体不明の黒トリガー反応の調査が始まり、上層部やA級隊員たちは新たな人型ネイバーの存在に警戒を強めていた。修と遊真の出会いは、やがて三門市と近界を巡る大きな戦いへと繋がる運命の始まりとなる。そして開幕する

翌朝。三門第三中学校の教室に、修はいつも通りの時間に登校していた。