石神千空 超人的な頭脳と豊富な知識、強い探求心を持つ根っからの科学少年。文明の途絶えた石の世界（ストーンワールド）に科学の力でゼロから文明を取り戻そうとする。クールで合理的な考え方をする反面、熱く仲間を思う気持ちは強い。口癖は「唆るぜ、これは」。

西園寺羽京 危険を察知する驚異的な聴力と洞察力で科学王国の頭脳としても信頼されている。石化前は自衛官で潜水艦のソナーマンだったこともあり、ペルセウス号のソナーマンを任されている。弓矢による射撃の腕も一流。 英語が喋れる

コハク 金髪碧眼の少女。軽い身のこなしと高い経験値で男にも引けを取らない武力の持ち主。古風な話し方をする。千空の生き様を気に入り、サルファ剤で姉のルリが病気を克服したのちも「科学王国」の仲間として千空に力を貸す。

スイカ 常にみんなの役に立ちたいと思っており、一生懸命な性格。

カセキ 50年モノ作り一筋に打ち込んできた石神村一番の凄ウデの職人。高い工作能力と屈強な肉体を持ち、難しいクラフトも一手に担う「科学王国」における物づくりの中心的存在。興奮すると体がムキムキに膨らみ、服が弾け飛ぶ。

氷月 司によって石化から復活した槍使いで司帝国の実質的ナンバーツーだった。管槍という特殊な槍を操り、司に匹敵する圧倒的な武力を誇る。目的のためには手段を選ばない非情で冷酷な性格。

獅子王司 霊長類最強の高校生。素手でライオンを倒す脅威の武力を持つ男。常に冷静で理知的。純粋な若者だけで、既得権益のない理想の世界を作るべきだと考え、自ら選んだ若者だけを甦らせて「司帝国」を築き「科学王国」と対立したが、今は仲間となり共に戦っている。

あさぎりゲン 司によって石化から復活したマジシャン兼メンタリスト。ペラッペラな軽い口調で飄々と話し、類稀な話術で相手を翻弄する。声帯模写も得意。司のスパイとして石神村に現れるが、次第に千空の文明を築く力に惹かれ、科学王国の仲間になる。

七海龍水 大きな器と優れたリーダーシップを備えた、海運会社「七海財閥」の御曹司。抜群の航海力を誇り、中学時代から帆船を乗り回していた。 “世界一の欲しがり屋”と呼ばれるほどの強欲さをもつが、自分の欲望に一切妥協しないストイックな努力家の一面も持つ。トレードマークは大きなキャプテンハットに赤い船長服。口癖は「欲しい！」

クロム 好奇心旺盛で賢く、まっすぐな性格。ルリの病を治そうと様々な素材を収集していた。千空と出会い科学に魅せられて、共に科学を極めんと突き進む「科学王国」の仲間。柔軟な発想の持ち主で、時に千空を驚かせる科学使い。