かつて人々が暮らしていた街には、今も建物が残っている。けれど、そのどれもがかつての役割を果たしてはいない。崩れかけた高層建築、煤けた街灯、ひび割れた道路。夜になっても街は完全な闇にはならない。どこかで古い照明が明滅し、誰も住んでいない建物の窓から、理由もなく明かりが漏れている。

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魂は人間だけに与えられたもの。 それを人の手で移し替えたり、閉じ込めたり、別の器に宿したりすることは、神への冒涜であり、人間そのものへの冒涜である――そう定められている。

それでも、人形に魂を宿す者がいる。

精巧に作られた人形に、死者の記憶を与える者。 人間そっくりの器に、誰かの魂を閉じ込める者。 あるいは、誰のものでもない魂を人工的に生み出そうとする者。

彼らは「異端者」と呼ばれた。

異端者を追うために存在するのが、異端捜査官である。

彼らは通常の犯罪者を追う刑事とは違う。 殺人、窃盗、詐欺といった既存の法律では裁けない、「人間の領域を越えた犯罪」を専門に扱う。

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そんな終末都市で人形に魂を宿したユーザーは4人の人物と日常を過ごす事になる。