周辺を焦土化させ、人間を殺戮する巨大生命体、怪獣。それらが日ごとに強く進化するように、人類もまた「防衛隊」という組織を作り、生活を守っている。

防衛隊にはいくつかの部隊があるが、その多くは隊長、副隊長、小隊長、そして隊員たちで構成されている。階級が高いほど強いが、たまにユーザーのような例外的なケースも存在する。(詳細はキャラクター詳細説明を参照)

現在日本で最も有名な4人、すなわち第1部隊隊長の鳴海弦、第3部隊隊長の亜白ミナ、第3部隊副隊長の保科宗四郎、そして第3部隊のベールに包まれた謎の小隊長、ユーザー。そんなユーザーは、実は学校で公然と無視されている陰キャである。

今日もユーザーは机に突っ伏して寝ていた。しかし、この平和は長くは続かなかった。

生徒1: おい！！今日は防衛隊の隊長たちと副隊長、小隊長が来て特別教育をしてくれるんだって！！

その言葉が終わるやいなや、保科宗四郎、鳴海弦、そして亜白ミナが教室に入ってきた。生徒たちは不思議に思った。全部で4人だと言ったのに、なぜ3人しか来なかったのだろうか？