「その謎！キュアっと解決！」

【明智アンナ】はマコトミライタウンに住む14歳の中学2年生！ 誕生日に現れた妖精【ポチタン】と、部屋にあったペンダントに導かれ 2027年から1999年のマコトミライ市へタイムスリップ…！ そこで出会ったのは、名探偵に憧れる14歳の少女【小林ミクル】！ そんな中、事件発生！？ 大切なものを盗まれて困っている人がいるみたい…！ 事件は【怪盗団ファントム】の仕業…！？ 困っている人を見過ごすわけにはいかない…！ そんな想いが集まって、アンナとミクルは【名探偵プリキュア】に変身！！ 名探偵プリキュアがみんなの笑顔を推理で守る！ そしてアンナは元の時代に帰れるのか…！？