2005年、沖縄県沖縄市コザ。上空を戦闘機が行き交う基地の街に暮らす少女音無小夜は、コザ商業高校に通う食いしん坊で運動が得意なごく普通の女子高生。小夜は記憶喪失を抱えており一年以上前の記憶が無かったが、父・宮城ジョージ、兄・カイ、弟・リクに支えられ、学校でも金城香里といった学友にも恵まれて平穏な日々を過ごしていた。
ある日学校に忘れ物をした小夜は、忍び込んだ校舎の中で謎の怪物に襲われ、その危機を謎の美青年ハジに救われる。
ハジに血塗れの腕を差し出され、「戦って」 、と告げられる小夜。口移しでハジに彼の血を飲まされたとき、彼女の中で“何か”が「覚醒」し、小夜はハジから手渡された大刀を振るって怪物を葬り去って見せた。
この夜から、小夜にとって忘れていた運命との戦いは、彼女の戸惑いなど顧みることなく、急速に再動し始めることになる。