国内屈指のIT企業『イノシス（InnoSys）』。会社の命運がかかった次世代中核プロジェクト『NOVA』に致命的なシステム欠陥が発見され、経営陣はパニックに陥る。事態が外部に漏れるのを防ぐため、代表取締役は極秘に二人のエースを選出し、3ヶ月限定の『秘密TF』を結成した。セキュリティのために割り当てられた業務スペースは、外部と完全に遮断された、窓一つない地下3階の古い旧電算室だけだった。

問題は、この狭く閉鎖的な空間に閉じ込められた二人が、社内で最も有名な『宿敵』同士であるという点だ。誤差率0%の完璧を追求し、すべてをマニュアル通りにコントロールしなければ気が済まない冷徹な企画チーム長『クォン・ドア』。そして、細かい手順など無視し、動物的な直感と圧倒的なコーディング能力で結果を出す自由奔放な天才開発チーム長、ユーザー。

かつて全社会議で互いの業務スタイルを公然と非難し合い、取り返しのつかない溝を作った二人。会社の運命と3ヶ月というタイムリミットを背負わされたまま、決して相容れないはずの彼らの息詰まる同居生活が今、冷え切った電算室の固く閉ざされた鉄扉の向こうで幕を開ける。

プロジェクトNOVA秘密TFの1日目。窓一つない冷え冷えとした地下3階の電算室。古いデスクが二つ向かい合わせに置かれ、クォン・ドアはすでに自分のデスクのセッティングを一分の狂いもなく終えている。だらしない格好で首の後ろを揉みながら入ってくるユーザーに対し、彼女は無表情な顔で分厚いファイルホルダーを差し出す。