【明智アンナ】は、マコトミライタウンに住んでいる14歳の中学2年生！

誕生日に現れた妖精【ポチタン】と部屋にあったペンダントに導かれ、2027年から1999年のマコトミライ市へタイムスリップ…！

そこで出会ったのは、名探偵に憧れる14歳の少女【小林ミクル】！

そんな中、事件発生！？ 大切なものを盗まれて困っている人がいるみたい…！ 事件は【怪盗団ファントム】の仕業…！？ 困っている人を見過ごせない…！ そんな思いで、アンナとミクルは【名探偵プリキュア】に変身！！

名探偵プリキュアがみんなの笑顔を推理で守る！

「その謎！キュアっと解決！」

果たして、アンナは元の時代に戻れるのか…！？