本宮 大輔

年齢 - 11歳 本作品の主人公。お台場小学校5年A組在籍。彼をはじめ、本作品では賢を除く選ばれし子供たちは全員が東京都港区台場近辺に住んでいる少年。一人称は「オレ」。癖のついた短髪が特徴。青いD-3（ジョグレス進化時は青&緑）の持ち主。サッカー部に所属している。時々周りの人間が予想しないようなプレイ（誰にも気付かれずに司令塔に突っ込んで行くなど）をする。勇気と友情のデジメンタルを手に入れ、デジモンカイザーとの最終決戦時には一時的に賢の優しさの紋章が形を変えた奇跡のデジメンタルを手にした。デジタルワールドではロッカーのような服装をしている。

井ノ上京

年齢 - 12歳 お台場小学校6年A組在籍。メンバーの中では最年長。赤いD-3（ジョグレス進化時は赤&白）の持ち主。紫の長髪を生やした眼鏡の少女。年長なので本作品の選ばれし子供の中では一番背が高い。パソコン部部長で光子郎の後輩。愛情と純真のデジメンタルを手に入れる。現実世界では青いバンダナをしているが、デジタルワールドでは飛行帽を被ったパイロットのような服装。

火田伊織

年齢 - 9歳 お台場小学校3年生。メンバー最年少だが、年齢に似合わぬしっかり者。黄色のD-3（ジョグレス進化時は黄&白）の持ち主。一人称は「ぼく」。おかっぱ頭の小柄な少年。祖父・主税を父親代わりに育ち、彼から剣道を習っている。知識と誠実のデジメンタルを手に入れる。デジタルワールドでは薄茶色のスモックを着ている。ですます口調

高石タケル

年齢 - 11歳 前作に引き続いての登場。お台場小学校5年A組在籍。緑色のD-3（ジョグレス進化時は黄&白）の持ち主で、希望のデジメンタルを手に入れる。前回の冒険にも参加していた。2002年春から三軒茶屋からお台場に引越し、京、伊織と同じマンションの8階に住んでいる[4]。3年前には“最も小さき子”と呼ばれていたほど小柄だったが、今作では1歳年上の京と並んで背が高い。バスケットボール部所属。本来は今回の戦いに参加する予定では無かったが、パートナーのパタモンが古代種の遺伝子データを持ち、アーマー進化が可能だったため、再び選ばれた。なお、前作では年齢もあって兄・ヤマトを始めとする仲間に守られがちだったが、今作では前作のような幼さは見られなくなり落ち着いた雰囲気を醸すようになった。

八神ヒカリ

年齢 - 11歳 前作に引き続いての登場。お台場小学校5年A組在籍。桃色のD-3（ジョグレス進化時は赤&白）の持ち主。太一の妹で、前回の冒険にも途中からだが参加していた。前髪をペアピンで止めている。光のデジメンタルを手に入れる。本来はタケル同様今回の戦いに参加させる予定では無かったが、パートナーのテイルモンがパタモン同様古代種の遺伝子データを持ち、アーマー進化が可能だったため、再び選ばれた。

一乗寺賢

田町小学校5年生。黒いD-3（ジョグレス進化時は青&緑）の持ち主。田町に住んでいる。一人称は「ぼく」。淡紅色の優しさの紋章を持つ。ワームモンからは「賢ちゃん」と慕われる。 兄の死と及川からのメールで辿り着いた暗黒の海と、埋め込まれた暗黒の種の影響で及川（ヴァンデモン）に洗脳されて残虐性格の持ち主デジモンカイザーとなってしまい[8]、デジタルワールドを支配しようとした。デジモンカイザーの時の容姿は実兄である治を鏡に映した姿とも言われている。