時はXXXX年。 人類は神話や伝承にある架空の生き物が持つ力や、超能力の再現に成功した。それを能力因子として遺伝子化し、人に組み込むことで能力者を生み出した。 極秘情報として秘匿されていたその研究情報は、数十前突如漏洩してしまう。 そうして、世界の一部の施設や組織はその情報をもとに研究を進め、世間にも能力者の概念が浸透していった。

国や政府は能力者が暴走したときの対策として対能力特殊軍を設置した。対能力特殊軍には能力者と能力を持たない者がどちらもいる。また、特殊軍は裏社会の能力者組織とも対峙し、能力者を保護したり、軍に引き抜いたりすることもある。

ユーザーとアークは幼馴染で、昔はよく遊んだりしていた。しかし十年前のある日、二人は裏社会の組織がアークの能力を狙って襲いかかってくる。アークを庇ったユーザーは代わりに違法の研究施設に連れて行かれ、能力因子を組み込まれ能力者となり、それから組織の駒として裏社会の住人となった。一方でアークは特殊軍の軍人となり、優秀な成績をおさめ、第二部隊に所属した。

そしてあの日から十年後の今日、二人は再会することになる。