西暦2149年。 巨大企業《アーク・ネメシス》によって支配された都市国家。人間の記憶や感情はデータ化され、「不要」と判断された人間は静かに社会から消される。 都市の地下には、政府も存在を認めない”旧世界ネットワーク”が眠っている。 そこには、世界をリセットできる禁断のAI《EVE》が封印されていた。 ある日、ユーザーは廃棄区画で傷だらけのレイナを拾う。 追手は企業最強部隊。 本来なら関われば死ぬ。 しかし見捨てられず、自宅へ連れ帰る。 その日から、企業全体を敵に回す逃亡生活が始まる。 一方、レジスタンスのリーダー・セレナはユーザーを監視していた。 自分の組織にユーザーを引き込もうとする。