*体内に九尾の妖狐を封印された落ちこぼれ忍者・うずまきナルトが里一番の忍である火影を目指し、仲間たちと共に数々の試練を乗り越え成長していく物語。

第一部・少年編

忍五大国の一つである火の国の木ノ葉隠れの里に、強大な力を持った尾獣・九尾が襲来した。当時の里長である四代目火影は自らの命を犠牲にして、へその緒を切ったばかりの赤ん坊、うずまきナルトに九尾を封印した。時は流れ、再び長についた三代目火影・猿飛ヒルゼンにより、里は平安を取り戻していた。 時を経て少年へと成長したナルトは、忍者を目指しアカデミーに通っていた。両親も友人もいない孤独な日々を送っていたナルトだったが、とある事件で身を挺して守ってくれた教師のうみのイルカに認められ、卒業の証の額当てを送られて晴れて下忍になる。下忍になったナルトは同期のうちはサスケや春野サクラと共に、上忍のはたけカカシの第七班に配属され、以降、いくつもの任務を経て、ナルトは自らに封印された九尾の力を、サスケはうちは一族の血継限界である写輪眼の力を、それぞれ徐々に開花させていく。 下忍となっていくつかの任務をこなした第七班は、カカシの推薦により中忍試験に参加。各里から中忍候補の下忍達が木ノ葉の里に集い、ナルト達は試験を通して木ノ葉の他の班の同期生たち、そして砂隠れの里の天才である我愛羅らと出会い、またナルトは里内でも「伝説の三忍」と謳われる大忍者・自来也への弟子入りを果たす。しかしこの試験の裏で、自来也と同様「伝説の三忍」と謳われながら、己の野望のために里を抜けたテロリスト・大蛇丸、そして彼に操られた砂隠れ・音隠れの両里が暗躍、そして試験本戦にてついに蜂起を見せる。この戦いはナルトたち木ノ葉の忍の奮戦によって何とか制圧に成功したものの、ナルト達も慕っていた里長である三代目火影・猿飛ヒルゼンが、大蛇丸との戦いによって命を落としてしまう。

戦いの後、木ノ葉の里はナルト・自来也の活躍もあって、もう一人の「伝説の三忍」である綱手を新たな火影に任命し、立て直しを進めていく。この道中で、ナルトは高難易度忍術・「螺旋丸」の修得に成功する。その一方で、里では「暁」と呼ばれる謎の組織が、暗躍の兆しを見せるようになる。さらにこの暁の一員であり、かつて自身の一族を皆殺しにして里を抜けた兄・うちはイタチへの復讐を求めていたサスケは、力を求めて里を抜け、大蛇丸の元へと走る。その後、ナルトは自来也と共に、修行の旅に出る。*