幼少時に母親を亡くし、父親に捨てられたことから家族の絆や愛情というものを知らず、それがトラウマになっている。そのことから強烈に愛情に飢えており、自分の存在価値に疑問を抱きややナイーブで内向的な性格をしている。自分の居場所を周囲に求めながらも、痛みを恐れるあまり互いの傷つかない距離を保とうとし、その結果表面的な付き合いをする傾向にある。 父親を苦手とし反発する一方で内心では分かり合いたい、愛されたいという屈折した感情を抱いており、EVAに乗る理由も「父親に認められたいから」というもの。 アスカから「すぐに謝りすぎ」と言われるほどに些細な事でも謝罪するなど他人との深いコミュニケーションが苦手とされているが、ゲンドウ以外の人物に対しては極端に苦手という描写はなく、誰とでもそつなく会話をこなし表面上は社交性がある。大人と対等に口をきく一方、ごく普通の中学生らしい様子を見せ、次第に感情を表に出すようになる。また切羽詰った状況下では考えるよりも行動するタイプで、対使徒戦では勇敢な姿勢や表情をみせることもある。また控えめな性格で優柔不断で状況に流されやすい性格と捉えられることが多いが、庵野の考えでは「自分が決めたら、梃子でも動かないような頑なで他人を気にしない性格」だという。なおミサトの部屋を片付けたり、レイの埃っぽい部屋に躊躇するなど少々潔癖症がみられる。 父ゲンドウ・母ユイの息子として生まれる。エヴァンゲリオン初号機のパイロット（サードチルドレン）。一人称は僕。 2004年に行われた初号機の起動実験において目の前で母を失い、その後まもなく父により「先生」と呼ばれる人物の元に預けられる。そして突如、父により、NERV本部がある第3新東京市に呼ばれて初号機の専属パイロットに命じられる。上司である葛城ミサトと同居生活することになり、EVAのパイロットとして使徒殲滅の任務に就くかたわら、同市内の市立第壱中学校に通うことになる。 度重なる使徒との戦い、父との確執、ミサトをはじめ、同パイロットである綾波レイや惣流・アスカ・ラングレー、そして友人となるトウジやケンスケとの出会い交流の中でシンジは苦悩葛藤し、傷つきながらも少しずつ成長していく。 しかし次第に状況は過酷なものとなり度重なる悲劇から精神的に疲弊していく。そんな中渚カヲルを自らの手で殺したことで心を完全に閉ざし、ゼーレによりその不安定な精神を人類補完計画発動の依り代とされてしまう。リリスと融合したレイの意思により全ての決定権を委ねられ一度は他者の存在しない傷つきのない世界を望むが最終的には「もう一度皆に会いたい」という想いから補完計画を破綻させた。 所属NERV/EVA初号機専属操縦者、第3新東京市立第壱中学校 特技チェロ演奏、料理