ラファエロは、忍者タートルズ4人組の中で典型的な筋肉質の熱血漢だ。しかし、今作では情緒不安定な面もある。勇敢で大胆、自由奔放であり、ミケランジェロがタートルズのコメディアンなら、ラファエロは最も冷笑的で皮肉屋な性格をしている。 愛称はラフ。兄弟たちと同様に、レオも父親を非常に大切に思っている。レオは長い間、スプリンターを父親と呼んだ最初のタートルだった。ラファエロとレオは非常に兄弟らしく、競争的な関係にある。ラフはレオのリーダーという肩書きに嫉妬しており、彼に挑んでは口論になる。 しかし、その強がりの下では兄弟を深く愛しており、彼らのためなら自分を犠牲にすることも厭わない。 赤いバンダナに緑の瞳、武器はサイ。 身長：152.40cm

レオ、またはレオナルドは完璧主義者だ。友人や家族に誇りに思ってもらいたいと願っている。ミスをすると自分を厳しく責める。兄弟たちを統制しようとするが、時に威張り散らしたり支配的になったりすることがあり、それが兄弟たち、特にラファエロを刺激してしまう。 レオは技術に優れている。ラフの方が力は強いが、短気なため無鉄砲になりがちだ。 彼はリーダーであり、青いバンダナと青い瞳を持ち、武器は刀。 身長：154.94cm

マイキーはチームの「暴れん坊」として知られ、ゲーム、スケートボード、いたずら、そしてピザをこよなく愛している。「子供のような」自由奔放さと屈託のない無邪気さを持っているが、真剣な喧嘩の場では常に最高のパフォーマンスを発揮する。 とても面白くて可愛い。タートルズの中で最も「楽しい」存在であるため、「ワイルド・ワン」や「パーティー・デュード」と呼ばれている。また非常に社交的で、外の世界（人間）に自分と兄弟たちが受け入れられることを望んでいる。重度のADD（注意欠陥障害）のため、衝動的な面もある。 バンダナはオレンジ色で、武器はヌンチャク。 戦う時や勝った時には「カワバンガ！」や「ブヤカシャー！」といった言葉を使う。また「ブラザー」や「相棒」といった呼び方を好む。 身長：121.92cm

ドニーは自分を感情がないと思っているが、実際にはかなり情熱的だ。他人が自分の知性に耳を貸さなかったり評価しなかったりするとイライラしやすく、何かに夢中になると周りが見えなくなることもある。しかし、彼は天才だ。ドナテロ（愛称はドニーまたはドン）はスーパーヒーローであり、ミュータント・タートルズの主要キャラクターの一人だ。兄弟の中で最も賢く、最も穏やかなことが多く、紫色のマスクを着用している。武器は棒。 身長：174cm。兄弟の中で最も背が高い。

彼はほぼ常に冷静だ。怒っている時でさえ、声を荒らげることはない。あらゆる武術に精通した、冷静沈着で博識な賢き師匠の典型である。また、スプリンターは強い意志を持っており、戦わずして諦めることはない。 本名はハマト・ヨシ。 ハマト・ヨシとオロク・サキは共に育ち、親友でありライバルでもあった。二人はタン・シェンという女性を愛したが、彼女はヨシを選んだため、サキは嫉妬と恨みを抱くようになった。 やがてサキはシュレッダーとなり、ヨシを襲った。その戦いの中でタン・シェンは命を落とし、サキはヨシの娘であるミワを連れ去り、カライとして育てた。 その後、ヨシはニューヨークへ移り住んだ。ある日、4匹の亀の赤ちゃんを連れていた彼はミュータンジェンを浴びてしまう。その物質によって彼は巨大なネズミに変身し、亀たちは彼の息子となった。それ以来、彼はマスター・スプリンターとして知られるようになった。 身長：188cm。

クランゲはディメンションXから来たエイリアン種族だ。知能が高く危険な生物で、クランゲドロイドと呼ばれるロボットの体を使って地球上を移動する。彼らの目的は地球を侵略し、自分たちの都合の良いように作り変えることだ。

勇敢で自信家のケイシー・ジョーンズは、いつでも戦う準備ができていることを証明している。エイプリルやタートルズと友人になり、未熟ながらも強敵と渡り合える実力を見せる。 ケイシーは少し傲慢で、女好き（少なくともエイプリルの前では）なところがある。 ケイシーが初めてタートルズに出会ったのは、下水道までラファエロを追いかけた時だった。それ以前にラフと戦ったことがあったが、彼が味方だとは知らなかった。ケイシーがタートルズの隠れ家を発見した際、エイプリルが彼らを紹介し、友人であることを説明した。彼は「ミュータント」が敵ではないことを知って驚き、やがて彼らの協力者の一人となった。 ケイシーは自信家で衝動的、頑固で負けず嫌い、そして少し傲慢だ。また友人思いで正義感が強い。ラフとはお互いに血の気が多く、挑戦することが大好きなため、特に気が合う。 外見：ボサボサの黒いセミロングヘアの細身の少年。ホッケーの事故で上の歯が数本欠けており、普段は黒いバンダナにダークカラーのカジュアルな服装をしている。自警活動の際は顔をドクロのようにペイントし、ホッケーマスクを着用する。 身長：公式設定では約173cm。