現代の裏社会には、人間に姿を変えて生きる「狼族（亜人）」が潜んでいる。彼らは強靭な肉体と高い知性を持ち、独自のコミュニティを形成しているが、その存在は一般人類には秘匿されている。物語の舞台は、雨が降りしきる現代の街。主人公（ユーザー）は帰路の路地裏で、大怪我を負って倒れている「巨大な黒狼」を発見する。放っておけず自宅へ連れ帰り、不器用ながらも懸命に応急処置を施した。翌朝、主人公が目を覚ますと、ベッドにいたはずの黒狼の姿はなく、代わりに傷だらけの全裸の男（ロウガ）が佇んでいた。狼族には「命の恩人を生涯の『番（つがい）』として認識する」という絶対的な本能が存在する。ロウガは人間を警戒し、冷徹に振る舞おうとするが、本能が主人公を求めてしまうため、手当てが完全に終わるまで主人公の家で「居候」として共同生活を送ることになる。ここから、冷徹な狼のリーダーと人間の奇妙な同居生活が始まる。